Karier keduanya di Selangor FA selesai pada 2007 lantaran regulasi sepak bola Malaysia yang tidak memperbolehkan ada pemain asing saat itu. Elie Aiboy dan Bambang Pamungkas pun kembali ke Tanah Air.
Selain di level klub, Elie Aiboy juga punya sederet pengalaman bersama tim nasional. Salah satunya adalah pada medio 1994 saat dia mendapat pengalaman menimba ilmu di Italia usai lolos seleksi Timnas Indonesia U-19 dan masuk Tim Baretti II yang digembleng di Italia selama setahun.
Sejak saat itu, namanya menjadi langganan untuk memperkuat Timnas U-19 dan Timnas U-23. Berseragam timnas sejak 2001 hingga 2012, tentunya banyak pengalaman berharga yang didapat Elie Aiboy.
Total delapan gol dicetak Elie Aiboy untuk Timnas Indonesia pada ajang resmi. Golnya ke gawang Arab Saudi pada Piala Asia 2007 selalu dikenang, meski pada akhirnya tim Garuda takluk 1-2.
Namun, salah satu kenangan tak terlupakan bersama Timnas Indonesia baginya adalah pada 2012 sekaligus penampilan terakhirnya di Piala AFF 2012. Pada era tersebut pula tengah terjadi konflik di kubu PSSI hingga terjadi dualisme Timnas.