Memasuki babak kedua, Indonesia masih rajin memberikan tekanan kepada Thailand. Akan tetapi, upaya Muhammad Iksan Tabrani masih bisa digagalkan bek lawan.
Kali ini, Indonesia berhasil mengandakan keunggulannya melalui gol dari Yahya Muhaimi di menit ke-39. Skor berubah menjadi 2-0 untuk Indonesia.
Tak lama setelah itu, Muhammad Iksan Tabrani juga sukses mencetak brace pada laga ini di menit ke-42. Kedudukan pun berubah 3-0, Indonesia semakin menjauh dari Thailand.
Sayangnya, Indonesia justru harus kecolongan di babak kedua ini. Di menit ke-45, Tahiland sukses mencetak gol melalui pemain bernomor punggung 10. Skor pun berubah menjadi 3-1, Indonesia masih unggul.
Tepat di menit ke-56, Indonesia kembali kebobolan. Kali ini Thailand berhasil mencetak gol melalui Phonpipat. Kedudukan berubah menjadi 3-2, Indonesia unggul. Hingga babak kedua berakhir, skor masih tetap 3-2 untuk kemenangan Indonesia.