Memasuki babak kedua, Shin Tae-yong kembali melakukan perubahan dengan memainkan Kerim Memija, Kyohei Yoshino, Stjepan Loncar, Kwon Chang-hoon, dan Pratama Arhan. Pergantian tersebut menjadi kesempatan bagi para pemain baru untuk menjalani debut bersama Macan Kemayoran.
Namun, nasib kurang berpihak kepada Persija. Radovan Pankov yang tampil solid sepanjang pertandingan justru mencetak gol bunuh diri yang menjadi penentu kemenangan Persebaya.
Persija sebenarnya sempat membobol gawang lawan melalui Denis Kolinger setelah menerima umpan Pratama Arhan. Akan tetapi, gol tersebut dianulir wasit karena Kolinger lebih dulu berada dalam posisi offside.
Usai pertandingan, Shin Tae-yong menilai hasil akhir belum menggambarkan kualitas sebenarnya dari Persija. Menurut dia, proses pembentukan tim masih berjalan dan para pemain membutuhkan waktu untuk mencapai performa terbaik.
"Pertama-tama saya ucapkan selamat untuk Persebaya. Kedua tim bermain dengan sangat kerja keras. Seperti yang saya katakan di wawancara sebelumnya, persiapan kami sangat singkat sehingga para pemain tetap berusaha menampilkan yang terbaik. Saya sangat berterima kasih," ucap Shin Tae-yong dalam konferensi pers setelah pertandingan.