Selepas di De Oranje, Kluivert akhirnya menjadi pelatih kepala di Timnas Curacao pada 5 Maret 2015 untuk Kualifikasi Piala Dunia 2018. Di tangannya, Curacao melalui dua babak kualifikasi pertama, mengalahkan Montserrat dan Kuba.
Pada tanggal 8 September 2015, Curaçao tersingkir di babak ketiga kualifikasi Piala Dunia 2018 setelah kalah agregat 0-2 dari El Salvador. Setelah membantu negara tersebut mencapai performa terbaik mereka di kualifikasi Piala Dunia, Kluivert mengumumkan pengunduran dirinya pada tanggal 10 September 2015.
Pada bulan Mei 2021, Kluivert kembali ke Timnas Curacao untuk menjadi pelatih sementara menggantikan Guus Hiddink yang terkena Covid-19.
Pada 30 Juni 2023, klub Turki Adana Demirspor mengumumkan penunjukan Kluivert sebagai manajer baru mereka dengan kontrak dua tahun. Namun, dia didepak klub tersebut pada 4 Desember 2023 setelah hanya meraih delapan kemenangan dari 20 pertandingan.
Ironisnya, di tengah minimnya prestasinya di dunia kepelatihan, Bleacherreport pernah mengabarkan Kluivert terjerat utang judi 1 juta euro (Rp16,8 miliar) kepada geng kriminal untuk berjudi.
Namun, tuduhan tersebut dibantah pengacaranya. Sang pengacara menyebut, kliennya itu adalah korban.