Perbedaan paling mencolok terletak pada penyelenggara turnamen. Piala AFF sepenuhnya berada di bawah naungan AFF, sedangkan FIFA ASEAN Cup merupakan kompetisi yang lahir dari kerja sama FIFA dengan para pemimpin ASEAN.
Karena kerja sama tersebut dilakukan langsung antara FIFA dan para pemimpin ASEAN, AFF tidak terlibat sebagai penyelenggara. Meski begitu, AFF tetap memberikan dukungan karena organisasi tersebut merupakan anggota FIFA.
Dari sisi peserta, Piala AFF hanya diikuti negara-negara anggota AFF atau kawasan Asia Tenggara. Sebaliknya, FIFA ASEAN Cup menggunakan sistem dua divisi berdasarkan peringkat FIFA dan membuka peluang hadirnya negara-negara lain dari Asia sebagai peserta undangan.
Perbedaan format tersebut membuat tingkat persaingan FIFA ASEAN Cup diperkirakan akan lebih beragam. Pembagian divisi berdasarkan ranking FIFA juga menjadi pembeda dibandingkan format Piala AFF yang selama ini mempertemukan negara-negara ASEAN dalam satu kompetisi.
Dengan demikian, Piala AFF tetap menjadi turnamen resmi milik AFF yang telah berlangsung sejak 1996. Adapun FIFA ASEAN Cup merupakan kompetisi baru hasil kolaborasi FIFA dan para pemimpin ASEAN yang dijadwalkan mulai bergulir pada 2026.