Beberapa sumber menyebut jika Marius Nainggolan adalah warga negara Indonesia bersuku Batak. Sedangkan sang ibu, Lizi merupakan warga negara Belgia beretnis Flandria.
Nainggolan memiliki saudara kembar bernama Riana Nainggolan. Keduanya tumbuh bersama sang ibu dan tiga saudara tiri mereka.
Namun, Nainggolan dan saudara kembarnya itu sudah hidup tanpa sosok ayah sejak kecil. Sebab, sang ayah memilih untuk meninggalkan keluarganya dan kembali ke Indonesia.
Setelah ditelusuri, Marianus melakukan hal itu lantaran kondisi ekonomi yang buruk di keluarganya. Itulah yang menyebabkan hubungan di antara kedua orang tuanya kurang harmonis.
Meski darah Indonesia mengalir di tubuhnya, Nainggolan memutuskan untuk berkewarganegaraan seperti sang ibu, yakni Belgia.