Akar-akar eceng gondok berbentuk serabut-serabut yang banyak dan rapat. Struktur akar ini mampu menyerap partikel-partikel yang terlarut dalam air, sehingga air menjadi bersih.
Menariknya, zat berbahaya seperti racun pun dapat diserap oleh eceng gondok. Pada membran sel akar terdapat lubang-lubang atau saluran kecil, sebagaimana dikutip dari situs SMP N 1 KEMANGKON.
Saluran ini terbentuk dari protein dan memiliki lubang dengan ukuran tertentu dan daya ikat tertentu pula. Salah satu salurannya bernama aquaporin. Ini adalah saluran yang hanya dapat dilewati air, sehingga partikel lain tidak dapat masuk lewat itu.
Mekanisme cara kerja eceng gondok membersihkan air ini menginspirasi ilmuwan mengembangkan teknologi penyaringan atau pemurnian air. Dengan begitu, air yang kotor dapat disaring sehingga menjadi bersih.