Penularan juga dapat terjadi melalui kontak langsung dengan jaringan atau cairan tubuh hewan yang terinfeksi. Menurut Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Amerika Setrikat (CDC), Khusus pes pneumonik, bakteri dapat berpindah melalui partikel pernapasan dari manusia atau hewan yang mengalami infeksi paru.
Perjalanan penyakit bergantung pada bagaimana Y. pestis masuk ke tubuh.
Pada pes bubonik, misalnya, bakteri biasanya masuk melalui luka akibat gigitan kutu yang terinfeksi. Setelah berada di jaringan, bakteri dapat bertahan dari respons sistem kekebalan tubuh dan bergerak melalui sistem limfatik menuju kelenjar getah bening terdekat.
Di sana, Y. pestis berkembang biak dan menyebabkan peradangan hebat. Kelenjar getah bening kemudian membengkak dan terasa sangat nyeri. Pembengkakan inilah yang disebut bubo, salah satu tanda khas pes bubonik.
Pada tahap berikutnya, jika infeksi tidak segera ditangani, bakteri dapat memasuki aliran darah. Kondisi ini dapat menyebabkan pes septikemik, ketika bakteri berkembang biak di dalam darah dan memicu sepsis.
Dalam kondisi berat, infeksi dapat menyebabkan kerusakan jaringan, perdarahan di bawah kulit, gangguan pernapasan hingga kegagalan berbagai organ. Jari tangan, jari kaki, atau bagian tubuh lainnya juga dapat mengalami kerusakan jaringan akibat gangguan sirkulasi dan infeksi berat.