Sama seperti danau lainnya, Danau Kakaban sekilas tidak memiliki keistimewaan. Danau ini terbentuk akibat pengangkatan atol atau terumbu karang cincin setinggi 40-60 meter yang terjadi pada 1-2 juta tahun lalu.
Air laut di sekitar cekungan kemudian masuk dan terjebak hingga akhirnya bercampur dengan air hujan. Maka itu, air di Danau Kakaban rasanya payau.
Selain air laut yang terperangkap, ada hewan yang juga tak bisa keluar dari danau tersebut yakni ubur-ubur. Karena berdiam diri terlalu lama, ubur-ubur tersebut beradaptasi dan bisa hidup di air payau.
Hewan ini tumbuh berlimpah di Danau Kakaban karena tidak ada predator lain yang hidup. Dengan demikian, kelenjar sengat ubur-ubur mengalami reduksi dan tidak digunakan lagi sebagai perlindungan diri maupun berburu mangsa.