Ekskavasi pertama, kata Vevy, dilakukan sekitar tahun 2006. Bekerja sama dengan Italia, BJB, didukung para arkeolog mencari definisi terkait Goa Made ini. Namun sampai saat ini belum diketahui secara pasti asal-usul sebenarnya Gua Made.
"Karena penelitiannya memang belum selesai. Pertama, terkendala masalah lahan. Situs Kedung Watu atau Gua Made ini berada di lahan hutan, jadi kita nggak bisa sembarangan untuk mengadakan ekskavasi," kata Vevy.
Kemudian pada 2007, para peneliti sempat melakukan ekskavasi. Pada jarak tertentu, Vevy mengatakan lorong tersebut memiliki bagian kecil yang terbuat dari susunan bata berukuran besar yang berfungsi sebagai sirkulasi udara.
Namun, ekskavasi itu justru bersamaan dengan gempa Jogja yang menelan banyak korban. Alhasil, penggalian pun dihentikan demi menjaga keselamatan serta kelestarian Gua Made. "Takutnya berimbas sampai ke sini," tandasnya.