Namun, ekskavasi itu justru bersamaan dengan gempa Jogja yang menelan banyak korban. Alhasil, penggalian pun dihentikan demi menjaga keselamatan serta kelestarian Gua Made. "Takutnya berimbas sampai ke sini," tandasnya.
Situs Kedung Watu terletak di Dukuh Kedung Watu, Desa Made, Kecamatan Ngusikan. Tampak dari luar, gua itu memang terlihat seperti lorong bawah tanah. Letaknya berada di tengah hutan, di bawah pohon rindang, dilindungi dengan genteng seng sederhana sebagai penutupnya.
Pada masa lalu situs ini termasuk Kecamatan Kudu. Akan tetapi, semenjak ada pengembangan kecamatan di Kabupaten Jombang pada 2008, situs ini termasuk wilayah Kecamatan Ngusikan.