Situs Kedung Watu terletak di Dukuh Kedung Watu, Desa Made, Kecamatan Ngusikan. Tampak dari luar, gua itu memang terlihat seperti lorong bawah tanah. Letaknya berada di tengah hutan, di bawah pohon rindang, dilindungi dengan genteng seng sederhana sebagai penutupnya.
Pada masa lalu situs ini termasuk Kecamatan Kudu. Akan tetapi, semenjak ada pengembangan kecamatan di Kabupaten Jombang pada 2008, situs ini termasuk wilayah Kecamatan Ngusikan.