Di sisi utara masjid terdapat miniatur berbentuk kapal yang merupakan miniatur kapal Laksamana Cheng Hoo. Miniatur ini diletakkan di sebuah kolam kecil dengan dinding berlukiskan wajah Muhammad Cheng Hoo.
Ornamen ini semakin menegaskan visi dan misi pembangunan masjid sebagai monumen penghormatan terhadap tokoh muslim Tiongkok tersebut. Bangunan masjid sarat makna filosofis, seperti bangunan utama yang dibangun seluas 11×9 meter.
Angka sebelas adalah ukuran Kabah saat baru dibangun dan angka sembilan adalah simbol dari Wali Songo. Adapun angka delapan pada jumlah sisi bagian atas bangunan utama adalah simbol dari Pat Kwa, perlambang keberuntungan atau kejayaan dalam budaya Tionghoa.