Yang pertama adalah misteri terkait beberapa benda koleksi Museum Wayang, salah satu yang dianggap menyeramkan adalah Boneka Sigale-Gale yang berasal dari Sumatera Utara.
Secara bentuk, boneka tersebut sesungguhnya sudah tampak sedikit menyeramkan dengan sosok pria hitam yang memakai baju serba putih. Ditambah lagi sejarah dan legenda yang menyebut, boneka yang digunakan pada upacara kematian masyarakat di Pulau Samosir tersebut kerap dihuni oleh arwah orang meninggal yang merasuki boneka.
Selain itu, si pembuat boneka tersebut dipercaya akan langsung meninggal beberapa saat setelah boneka tersebut jadi dan digunakan dalam upacara. Seram!
Selanjutnya yang paling kondang adalah misteri mengenai koleksi Gamelan Sunda yang terdapat di lantai 2 museum.
Terdapat kebijakan yang melarang pengunjung untuk membunyikan alat musik tersebut. Usut punya usut, hal ini karena tindakan tersebut diyakini akan dapat mengganggu makhluk yang mendiami lokasi sekitar di mana gamelan tersebut diletakkan!