Dulu, situs ini berupa reruntuhan dan puing bangunan. Kemudian direnovasi pada 2016 oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya (BPCB) Yogyakarta. Kemudian, bangunan ini mulai banyak dikunjungi wisatawan.
Pesanggrahan ini dibangun di sisi barat dan timur sungai Gajah Wong dan membujur dari arah barat ke timur. Kompleks pesanggrahan terdiri dari pagar keliling dan bangunan pesanggrahan. Bangunan di sisi barat merupakan kompleks bangunan kamar dengan halaman teras dan kolam pemandian yang airnya berasal dari mata air (umbul).
Kolam pertama berbentuk lingkaran dengan diameter 4,5 meter dan di bagian tengahnya terdapat pancuran air atau umbul. Sedangkan di kolam kedua bebentuk bujur sangkar dengan ukuran 10 meter x 4 meter. Kedua kolam itu saling berhubungan.
Pesanggrahan ini juga memiliki struktur bangunan yang unik karena memiliki lorong-lorong, pintu dan jendela dengan aksen melengkung di sebagian atasnya. Tentu tempat ini memiliki daya tarik tersendiri. Bagaimana, tertarik ingin menjelajahi Situs Warungboto?