Kuliner khas Labuan Bajo yang pertama adalah Kolo. Ini adalah kudapan tradisional berupa nasi bakar. Masyarakat setempat biasanya menyebut makanan ini dengan nama kalo atau kolo. Berbahan dasar beras, yang diolah menjadi nasi kolo, memiliki cita rasa gurih dari bumbu, ikan, serta bahan lain yang telah dicampur dengan nasi. Memasaknya juga cukup tradisional, dengan cara nasi dimasukkan ke dalam bambu dengan panjang sekitar 30 cm.
Jagung Bose menggunakan jagung putih yang ditumbuk kasar dan dimasak dengan kacang merah. Makanan ini menjadi makanan pokok pengganti nasi oleh masyarakat setempat. Cita rasa dari jagung bose adalah gurih yang berasal dari santan.
Bukan termasuk makanan berat, Bepalaya ala Bugis ini adalah camilan khas Labuan Bajo yang biasa dihidangkan saat ngopi. Secara sekilas Bepalaya mirip dengan kompiang, tetapi Bepalaya menggunakan bahan yang berbeda yaitu terdiri dari tepung beras, gula merah, ketan, dan wijen. Bepalaya bisa ditemukan di beberapa pasar tradisional, mini market, dan pusat oleh-oleh yang ada di Labuan Bajo.