Setelah itu kopilot berkomunikasi dengan ACC Jakarta dan ACC memberikan instruksi arah terbang pesawat. Namun, kopilot tertidur setelah 10 detik setelah berkomunikasi dan mengikuti instruksi ACC Jakarta pada 01.43 UTC. Sekitar 12 menit setelah transmisi rekaman terakhir dengan kopilot atau pukul 01.56 UTC, ACC Jakarta bertanya ke pesawat dan tidak mendapatkan respons dan diduga keduanya tidur.
Lalu, pada pukul 01.57 UTC atau 08.57 WIB ACC Jakarta kembali bertanya ke pilot dan kopilot namun kembali tak mendapat respons. Pada 02.11 UTC atau 09.11 WIB pilot dan kopilot terbangun dari tidur dan sadar bahwa pesawat sudah tidak lagi berada di jalur penerbangan yang benar.
Pada kesempatan tersebut pilot terbangun terlebih dahulu dan kemudian melihat kopilotnya tertidur dan membangunkannya. Pilot sempat memberitahu ACC Jakarta bahwa pesawatnya mengalami masalah radio komunikasi dan saat ini masalah itu sudah tertangani. Pesawat kemudian terbang dan mendarat di Jakarta dengan lancar.
Untuk diketahui, pilot dan kopilot yang tertidur ini merupakan kru yang sama mengoperasikan penerbangan Jakarta-Kendari pada pagi harinya. Penerbangan itu dijadwalkan berangkat pada pukul 02.55 waktu setempat dan mereka harus login pada pukul 01.25.