Pada Pasal 25 di aturan itu mengatur bahwa LCGC dikenakan tarif PPnBM sebesar 15 persen, namun dihitung dari Dasar Pengenaan Pajak (DPP) sebesar 20 persen dari harga jual. Hitung-hitungan ini bisa disederhanakan sebagai pengenaan PPnBM sebesar 3 persen buat LCGC.
Selain itu, untuk mesin bensin maksimal 1.200 cc wajib 20 km per liter dan ditentukan emisi CO2 di bawah 120 g per km serta mesin diesel maksimal 1.500 cc wajib 21,8 km per liter dengan CO2 di bawah 120 km per liter.
Pengenaan PPnBM 3 persen akan membuat harga LCGC semakin tinggi, hal ini juga seperti keluar dari pakem awal bahwa program ini menyediakan mobil-mobil murah untuk masyarakat yang baru pertama membeli mobil.
Sebagai catatan untuk produk yang dijual sejak 2013 dari produk mobil LCGC yang dijual di Indonesia, yaitu Daihatsu Ayla dan Sigra, Toyota Agya dan Calya, Honda Brio Satya, dan Suzuki Karimun Wagon R, serta Datsun GO dan GO+.