Gedung PJT yang diresmikan tersebut menggunakan lahan Gedung Menza dan Paviliun Wijaya Kusuma seluas 5.473 m2 sejak 2013. Pemanfaatan gedung tidak hanya untuk menunjang layanan jantung-pembuluh darah, namun juga digunakan untuk ruang rawat inap VIP, PICU, dan kamar operasi fast track.
Soft opening layanan jantung-pembuluh darah di gedung PJT telah diselenggarakan pada 17 Agustus 2018 bertepatan dengan perayaan HUT Kemerdekaan RI ke-73. RSUP Dr. Sardjito menjalin kerja sama untuk membangun jejaring rumah sakit nasional melalui Academic Health System (AHS) bersama RSUP Dr Soeradji Tirtonegoro, RS UGM, RSPAU dr S Hardjolukit, RSUD Banyumas.
Demi meningkatkan mutu pelayanan, rumah sakit ini juga berkolaborasi dalam jejaring internasional dengan National Taiwan University Hospital (NTUH), Apollo Hospital New Delhi India, dan Xian Hospital China.