Selama dirawat, John diketahui mendapat dukungan yang terus mengalir dari berbagai kalangan, mulai dari sahabat seperjuangan, alumni Universitas Gadjah Mada (UGM), hingga aktivis lintas generasi.
Namun, kondisi John Tobing dilaporkan semakin menurun dalam beberapa hari terakhir sebelum akhirnya dia mengembuskan napas terakhir pada Rabu malam (25/2) sekitar pukul 20.45 WIB. Kepergiannya meninggalkan duka mendalam, khususnya bagi kalangan aktivis dan pencinta musik perjuangan di Tanah Air.
Rencananya, jenazah John Tobing akan disemayamkan di Rumah Duka RS Bethesda Yogyakarta dan dimakamkan di Prambanan pada Sabtu, 28 Februari 2026.