Akan tetapi, penduduk kota tersebut justru menolak dan tetap mengingkari Allah SWT. Menanggapi hal tersebut, Nabi Yunus marah dan meninggalkan umatnya serta mengancam akan ada azab yang datang tiga hari lagi.
Nabi Yunus pun menaiki perahu bersama umatnya yang mengikutinya. Sayangnya, perahu tersebut oleng karena terlalu banyak penumpang.
Oleh sebab itu, dilakukan undian untuk menentukan salah satu penumpang yang akan diceburkan di laut demi meringankan beban perahu. Undian pun jatuh ke tangan Nabi Yunus.
Ia lalu melucuti pakaiannya dan menceburkan diri ke dalam laut. Saat melompat, Nabi Yunus langsung ditelan oleh ikan paus raksasa.
Dalam sebuah riwayat yang sahih, ikan paus itu bernama Zun Nun. Meskipun ditelan, Allah telah memerintahkan ikan tersebut untuk tidak memakan Nabi Yunus.