Namun setelah pergi meninggalkan kota, kaum Nabi Yunus justru menyadari kesalahannya dan segera bertaubat sehingga Allah batal menurunkan azab.
Hal itu termaktub dalam Al-Qur’an surat Yunus ayat 98 yang berbunyi, “maka mengapa tidak ada (penduduk) suatu negeri pun yang beriman, lalu imannya itu bermanfaat kepadanya selain kaum Yunus? Ketika mereka (kaum Yunus itu) beriman, Kami hilangkan dari mereka azab yang menghinakan dalam kehidupan dunia, dan Kami beri kesenangan kepada mereka sampai waktu tertentu.”
Namun karena terlanjur marah, Nabi Yunus benar-benar pergi meninggalkan kota tersebut dan tak mengindahkan perubahan kaumnya. Nabi Yunus akhirnya pergi ke tepi laut dengan menaiki sebuah kapal.
Karena cuaca yang buruk dan disertai jumlah penumpang yang berlebih, maka kapal pun oleng. Untuk membuat kapal menjadi seimbang, salah satu dari penumpang harus dibuang ke laut.
Sesuai kesepakatan, para penumpang melakukan undian untuk memutuskan siapa yang harus dibuang ke laut. Setelah diundi untuk yang ketiga kalinya, hasil undian menunjukkan bahwa Nabi Yunus adalah orang yang harus dibuang ke tengah laut.