KH Ahmad Lutfi menikah dengan Jehan Azhari, dan sudah dikaruniai tiga anak, yakni Hanin Fathullah, Muhammad Hadi Fathullah, dan Rahaf Fathullah
Pendidikan
KH Ahmad Lutfi sudah ditanamkan pendidikan agama sejak dini. Sewaktu kecil, KH Ahmad Lutfi mengaji ke pamannya KH Ali Syibromalisi.
Setelah menamatkan di SDN 01 Kuningan Timur, KH Ahmad Lutfi melanjutkan pendidikannya ke Pondok Modern Gontor, Ponorogo, Jawa Timur.
KH Ahmad Lutfi lalu menempuh pendidikan S-1 di Damascus University, Fakultas Syariah, Jurusan Fiqh wa Usulih, lalu menempuh pendidikan S2 di Jordan Universiti dan meraih gelar doktor di Universiti Kebangsaan Malaysia, Fakulti Pengajian Islam dengan kajian utamanya Hadits.
Di antara guru-guru yang pernah mengajar baik formal maupun non-formal antara lain KH. Imam Zarkasyi, Prof. DR. Syeikh Muhammad Sa’id Ramadhan al-Buthi, Prof. DR. Syeikh Nuruddin ‘Itr, Prof. DR. Syeikh Mustafa Diib al-Bugha, Prof. DR. Syeikh Wahbah al-Zuhaily, Prof. DR. Syeikh Hammam Abdurrahim Sa’id, Prof. DR. Muhammad al-Zuhaily, Syeikh Husein al-Khattab, Syeikh Abdul Qadir al-Arna’ut, dan Syeikh Syu’aib al-Arna’ut.
Sepulangnya ke Indonesia, KH Ahmad Lutfi memiliki beragam aktivitas akademis di antaranya menjadi dosen pascasarjana di Universitas Indonesia, Universitas Islam Negeri Jakarta, Universitas Islam Negeri Bandung, Universitas Muhammadiyah Jakarta, Universitas Muhammadiyah Surakarta, Institut Ilmu Al-Qur’an Jakarta, Program Interdiciplyneri Islamic Studies Mc Gill Canada – UIN Jakarta, Universitas Islam Ibnu Khaldun Bogor, Universitas al-Aqidah, Jakarta, dan University Kebangsaan Malaysia, Bangi Slangor (Dosen Penguji tesis/disertasi).