Ia tercatat tampil dalam sejumlah judul populer, di antaranya Hello, Franceska, Princess Hours (Goong), serta serial Rude Miss Young-ae yang membawanya semakin dikenal publik.
Titik penting dalam perjalanan karier Lee Yong Joo datang ketika ia bergabung dalam Blue Tower, yang awalnya hadir sebagai salah satu segmen dalam program Roller Coaster 2 di tvN.
Dalam serial tersebut, ia memerankan karakter prajurit baru Lee Yong Joo, sosok lugu dan kerap melakukan kesalahan tetapi justru disukai penonton.
Karakter tersebut membuat Lee Yong Joo mendapat julukan 'National New Recruit' atau Kookmin Shinbyeong. Dalam wawancara pada 2012, ia mengaku mulai merasakan popularitas setelah sejumlah penggemar mengenalinya dan meminta berfoto bersama.
Perannya sebagai prajurit baru juga menjadi salah satu karakter yang paling dikenang dari perjalanan kariernya. Blue Tower sekaligus memperlihatkan kemampuan Lee Yong Joo dalam membawakan karakter komedi secara natural.