Jauh sebelum Belanda menjajah Indonesia, Spanyol pernah menjajaki wilayah Nusantara. Kedatangan Spanyol saat itu dipimpin oleh Ferdinand Magellan pada tahun 1521. Ferdinand yang terbunuh ketika sedang melakukan ekspedisi, lantas digantikan oleh Sebastian del Cano.
Ketika orang Spanyol tiba di Tidore, Cano langsung disambut baik oleh Kerajaan Tidore. Kerajaan Tidore dan menjadikan Spanyol sebagai sekutu. Tidore saat itu memang tengah bermusuhan dengan Ternate yang bersekutu dengan Portugis.
Spanyol lantas bersaing dengan Portugis hingga dalam Perjanjian Saragosa menyatakan bahwa Spanyol harus meninggalkan Maluku dan memusatkan kegiatannya di Filipina. Meski secara tidak langsung Spanyol berkuasa di Indonesia, ia dianggap pernah melakukan penjajahan di Nusantara.