Asbed Balian, pendeta senior di Gereja Kelahiran Yesus, mengatakan pengunjung yang terinfeksi memasuki situs tersebut.
"Orang-orang yang terkena dampak korona mengunjungi gereja," katanya, kepada AFP.
"Gereja akan ditutup selama 14 hari dan mereka akan menyemprotkan antiseptik."
Sekolah, universitas, dan masjid di Bethlehem juga ditutup pada Kamis.
Israel, yang sejauh ini memiliki 16 kasus vorus korona, memberlakukan langkah-langkah tegas pada banyak negara Eropa dalam upaya menahan penyebaran virus korona.
Israel juga membatalkan latihan militer bersama dengan Amerika Serikat di Jerman.