Beberapa sekutunya diserang awal pekan lalu, dan mengatakan bahwa rumah mereka dibakar.
Sang wakil presiden, Alvaro Garcia Linera, serta Senat Presiden Adriana Salvatierra juga mengundurkan diri.
Para demonstran turun ke jalan untuk merayakan pengumuman tersebut sambil meneriakkan "Ya, kita bisa" dan menyalakan petasan.
Apa yang melatari pengunduran Morales?
Bolivia dilanda aksi unjuk rasa anti-pemerintah selama beminggu-minggu, menyusul laporan tuduhan kecurangan pemilu dalam pemilihan presiden.
Ketegangan pertama kali berkobar pada malam pemilihan presiden setelah hasil penghitungan suara dihentikan sementara selama 24 jam. Hasil akhir menunjukkan bahwa Morales unggul 10 persen suara lebih -angka yang dibutuhkannya untuk langsung menang di putaran pertama pemilu.