Kamp pengungsi Jenin adalah tempat salah satu pertempuran paling mematikan dari peristiwa Intifada, atau pemberontakan rakyat Palestina yang kedua. Pada April 2002, pasukan Israel memerangi gerilyawan Palestina di kamp tersebut, yang menyebabkan kematian 23 tentara Israel dan lebih dari 50 orang Palestina.
Dalam beberapa tahun terakhir, Otoritas Palestina—yang mengelola sebagian Tepi Barat yang diduduki zionis—tampaknya hanya memiliki sedikit kendali atas Jenin. Pasukan Israel yang beroperasi di dalam dan sekitar kota dan kamp pengungsi sering mendapat kecaman.