Oleh sebab itu, Fatima kemudian membuat lembaga pendidikan yang memberikan gelar akademik dan melembagakan penelitian akademik, sama seperti sistem yang ada saat ini.
Awalnya, pengajaran di universitas ini hanya dilakukan pada ilmu agama serta menghafal Al-Quran. Namun seiring berjalannya waktu, pembelajaran diperluas ke tata bahasa Arab, musik, kedokteran, hingga astronomi.
Universitas ini pun menjadi pusat pendidikan umat Islam pada saat itu. Sejumlah tokoh pemikir Islam diketahui pernah menimba ilmu di Universitas Al-Qarawiyyin.
Diantaranya adalah pakar matematika Abu al-Abbas az-Zawawi, pakar bahasa Arab dan seorang dokter Ibnu Bajjah, serta pemuka dari Mazhab Maliki, Abu Madhab al-Fasi, serta Ibnu Khaldun.