Para pemimpin Pentagon sangat kesal ketika Phelan menyampaikan ide pengadaan kapal perang modern langsung kepada Trump, tanpa melalui Hegseth.
Sejak saat itu, Hegseth dan Feinberg berupaya melemahkan pengaruh Phelan. Hegseth juga memecat sejumlah pejabat selama masa jabatan kedua Trump.
Phelan ditunjuk sebagai menteri oleh Trump pada 2025 dan mendapat dukungan Senat, dengan memperoleh 62 suara melawan 30.
Dalam fit and proper test di hadapan Komite Angkatan Bersenjata Senat, dia bertekad meningkatkan Angkatan Laut AS, seperti menangani masalah seputar perekrutan dan retensi di matra tersebut. Selain itu dia juga berjanji meningkatkan armada AL.