Pemerintah di sejumlah negara Asia Tenggara telah menangkap lebih dari 300 tersangka teroris sejak 2002, sehingga secara signifikan menurunkan aktivitas jaringan JI. Pihak berwenang Thailand menahan kepala operasi jaringan tersebut pada 2003. Sementara polisi Indonesia membunuh pembuat bom JI yang paling berpengalaman pada 2005 dan menangkap dua pemimpin seniornya pada pertengahan 2007.
Pihak berwenang Malaysia menangkap dua anggota senior JI di Kuala Lumpur pada awal 2008. Pada April 2009, polisi di negeri jiran menangkap kembali buronan pemimpin JI Singapura, Mas Selamat Kastari, yang melarikan diri dari sel penjara Singapura pada awal 2008. Polisi Indonesia pada September 2009 berhasil melenyapkan Noordin M Top.
Sejak 2009, JI telah dibayang-bayangi oleh aktivitas kelompok-kelompok sempalannya dan teroris lain yang berbasis di Indonesia. Beberapa di antara mereka adalah anggota berpengalaman yang sebelumnya berafiliasi dengan JI. Sementara yang lainnya adalah terpidana teroris yang telah menyelesaikan hukuman penjara dan kemudian melanjutkan lagi aktivitas mereka.
Teroris Indonesia Umar Patek ditangkap oleh pihak berwenang Pakistan di Abbotabad pada Januari 2011. Dia dipulangkan tujuh bulan kemudian dan divonis bersalah pada Juni 2012 atas perannya dalam peristiwa Bom Bali I. Umar Patek dijatuhi hukuman 20 tahun penjara.
Pada November 2012, aparat keamanan Filipina membunuh pemimpin senior JI Indonesia, Sanusi.