Sebelumnya Presiden Rodrigo Duterte berjanji akan menumpas para pelaku. Setelah itu, angkatan udara Filipina melancarkan serangan udara ke basis kelompok Abu Sayyaf di Patikul dan Indanan, Sulu.
Duterte juga menegaskan satu dari dua ledakan merupakan hasil dari aksi bom bunuh diri.
"Itu adalah terorisme dan bunuh diri. Anda tidak dapat membawa tas plastik, Anda akan ditanyai oleh militer dan polisi ketika menggunakan tas punggung. Tapi Anda bisa melihat, di sekeliling ada potongan-potongan daging. Kami bahkan menginjaknya," ujarnya, menguatkan alasan bahwa tubuh pelaku hancur akibat bom bunuh diri.
Menteri Pertahanan Delfin Lorenzana mengatakan, aksi bunuh diri itu kemungkinan terjadi saat ledakan kedua.
"Bom pertama yang meledak di dalam gereja itu sepertinya ditinggalkan oleh seorang perempuan tertentu. Bom kedua yang meledak di pintu masuk sekitar 1,5 menit setelahnya, mungkin adalah bom bunuh diri seperti yang ditunjukkan dengan bagian-bagian tubuh yang berserakan di mana-mana," ujarnya.
Ini berbeda dengan hasil penyelidikan sebelumnya bahwa bom pertama merupakan aksi bunuh diri dan yang kedua diletakkan di boks sepeda motor di halaman parkir dekat pintu masuk. Teori itu diragukan karena kecil kemungkinan seseorang bisa masuk gereja dengan membawa sabuk bom.
Duterte yakin kelompok gerilyawan Abu Sayyaf bertanggung jawab atas serangan gereja. Bahkan ada kemungkinan salah satu pelaku merupakan orang Indonesia.