Kemudian pada 1969, Malaysia secara sepihak memasukkan Pulau Sipadan dan Ligitan dalam peta nasional.
Pada 1991, Indonesia serta Malaysia membentuk Kelompok Kerja Bersama untuk mempelajari situasi serta kondisi kedua pulau, namun berakhir buntu. Akhirnya masalah sengketa kedua pulau itu dibawa ke Mahkamah Internasional.
Pada 2002, Mahkamah Internasional memutuskan kepemilikan Pulau Sipadan dan Ligitan dimenangkan Malaysia. Keputusan itu berdasar bukti sejarah yang diterima Mahkamah Internasional dari Malaysia.
Dokumen dari Malaysia membuktikan bahwa Inggris yang pernah menjajah Malaysia paling awal masuk ke kedua pulau itu dengan membangun konservasi penyu dan mercusuar. Sementara Belanda yang pernah menjajah Indonesia hanya terbukti singgah di kedua pulau itu tanpa melakukan apa pun.
Selain itu, Malaysia terbukti melakukan berbagai penguasaan efektif di kedua pulau, seperti memberlakukan aturan perlindungan satwa burung, operasi mercusuar, hingga pungutan pajak atas pengumpulan telur penyu. Diketahui, sengketa kedua pulau tersebut disebabkan ketidakjelasan garis perbatasan yang dulunya dibuat Belanda dan Inggris di perairan timur laut Pulau Kalimantan.