Sejak itu, Kadyrov memimpin milisi dengan bantuan dari dinas intelijen Rusia FSB untuk melawan pemerintah. Sebelum menjadi presiden, dia juga pernah menjabat kepala Dinas Keamanan Kepresidenan Chechnya.
Kadyrov sempat diisukan tewas ditembak pengawalnya pada 28 April 2004. Sebulan kemudian atau 9 Mei 2004, Kadyrov diangkat menjadi wakil perdana menteri Republik Chechnya. Setahun menjabat, dia mengklaim Chechnya sebagai tempat paling damai di Rusia. Dia juga mengatakan perang sudah berakhir dengan hanya sekitar 150 pemberontak yang tersisa.
Setelah kecelakaan mobil yang melukai Perdana Menteri Sergey Abramov pada Desember 2005, Kadyrov menjabat perdana menteri sementara. Kebijakannya yang populer saat itu melarang perjudian dan produksi minuman beralkohol.
Pada 1 Maret 2006, Sergey Abramov mengundurkan diri sebagai perdana menteri dan digantikan Kadyrov. Tak butuh lama baginya menduduki jabatan presiden.
Pada 15 Februari 2007, Putin menandatangani dekrit yang menghapus jabatan Alkhanov dan mengangkat Kadyrov sebagai presiden Chechnya. Pada 2 Maret 2007, parlemen Chechnya menyetujui pencalonan tersebut.