Kemudian Syekh Maher bekerja sebagai asisten profesor di Departemen Ilmu Hukum, Fakultas Ilmu Hukum dan Regulasi Universitas Ummul Qura. Selain itu Syekh Maher juga menjabat sebagai wakil dekan Fakultas Pascasarjana dan Penelitian Ilmiah.
Sebelum dipercaya sebagai imam dan khatib di Masjidil Haram, Syekh Maher mengemban tugas yang sama di Masjid Al Saadi, lingkungan Al Awali, Kota Makkah.
Pengalaman lain, Syekh Maher pernah ditugaskan memimpin salat di Masjid Nabawi Madinah pada Ramadhan 1426 dan 1427 H sebelum ditugaskan memimpin Salat Tarawih dan Qiyamullail di Masjidil Haram pada Ramadhan 1428 H.
Syekh Maher yang diberkahi dengan suara merdunya kemudian diangkat menjadi imam Masjidil Haram pada tahun yang sama dan berlangsung hingga saat ini. Dia merupakan salah satu pelantun Alquran paling terkenal di kalangan umat Islam dunia.