Lembaga itu juga menasihati warga untuk memakai masker saat meninggalkan rumah, untuk melindungi wajah dari dari asap dan debu.
Sebuah video yang diunggah di Twitter oleh pemerintah provinsi Mekah menunjukkan, gumpalan asap abu-abu naik dari bangunan dalam sebuah kompleks.
Seorang koresponden AFP mengatakan, pasukan keamanan menutup jalan utama yang menghubungkan Mekah dan Jeddah dan menutup lokasi itu.
Api berkobar pukul 12.35 waktu setempat (0935 GMT), menurut akun Twitter Haramain High Speed Rail. Perusahaan itu kemudian menyatakan untuk sementara menangguhkan semua perjalanan kereta.
"Demi keselamatan para pengunjung, perjalanan di jalur Haramain berkecepatan tinggi akan ditangguhkan hingga pemberitahuan lebih lanjut," katanya.
Kereta api ini berjalan sejauh 450 kilometer melalui pelabuhan Laut Merah, dan mengantar penumpang dengan kecepatan hingga 300 kilometer per jam.
Raja Salman meresmikan kereta api ini pada September 2018. Para pejabat menggambarkannya sebagai proyek transportasi terbesar di wilayah tersebut.