Sebelum itu hubungan kedua negara juga panas-dingin. Pemicunya lagi-lagi karena perlakuan Israel terhadap warga Palestina.
Awalnya hubungan memburuk tajam pada 2010 setelah pasukan khusus Israel menyerang kapal misi kemanusiaan Mavi Marmara yang berlayar dari Turki menuju Gaza. Kapal itu dinaiki ratusan aktivis kemanusiaan dari berbagai negara, termasuk Amerika Serikat (AS).
Kemudian pada Mei 2018, Turki mengusir duta besar Israel di Ankara setelah militer Zionis menyerang Jalur Gaza sehubungan dengan demonstrasi warga di perbatasan memperingati 70 tahun pembentukan Israel dan pencaplokan wiayah Palestina.