KAI Commuter juga masih memberlakukan aturan tambahan pada masa pandemi ini, yaitu bagi lansia hanya dapat naik kereta pada pukul 10.00 WIB-14.00 WIB atau di luar jam sibuk. Sementara bagi balita tidak diperkenankan naik KRL.
Selain protokol kesehatan tersebut, upaya tambahan yang dilakukan KAI Commuter adalah membuka jendela pada area ujung setiap kereta untuk menambah sirkulasi udara selama dalam perjalanan KRL.
"Para pengguna juga kami imbau untuk berdiri dengan menghadap satu arah agar tidak saling berhadap-hadapan. Aturan untuk tidak berbicara baik secara langsung maupun melalui telepon selama perjalanan juga tetap berlaku. Ini merupakan upaya mencegah penyebaran Covid-19 melalui droplet yang keluar saat kita berbicara," tuturnya.