Seiring dengan pertumbuhan kota Jakarta, Sungai Ciliwung mengalami beban yang berat dari aktivitas manusia. Limbah industri dan domestik, serta sampah, mengalir bebas di sungai ini dan mempengaruhi kualitas air dan lingkungan sekitar.
Pada tahun 1980-an, pemerintah Indonesia mulai memperbaiki kualitas air Sungai Ciliwung melalui berbagai proyek pembersihan dan pengelolaan limbah.
Namun, masalah lingkungan yang berhubungan dengan Sungai Ciliwung masih menjadi perhatian hingga saat ini, seperti pencemaran air, erosi, dan banjir.