Memasuki tahapan menengah menuju akhir, fokus pekerjaan berada pada penggalian dan penyiapan pintu masuk stasiun, penyelesaian desain interior dan eksterior bangunan, pemasangan sistem listrik, air, dan ventilasi di dalam stasiun, serta perbaikan area permukaan agar fungsi kota kembali normal.
Untuk struktur bawah tanah, metode top-down (dari atas ke bawah) dengan dinding penahan tanah berupa diafragma dan plat bertahap digunakan, sementara terowongan dibangun menggunakan mesin bor terowongan (Tunnel Boring Machine/TBM).
Khusus untuk pekerjaan dinding diafragma, digunakan alat penggali hidrolik yang menghasilkan getaran minimal sehingga cocok untuk area padat bangunan, dilengkapi dengan penguatan sistem kedap air dan di area tertentu menggunakan dinding ganda untuk menahan tekanan air tanah dan memastikan konstruksi tahan lama.
Dua stasiun besar yang saat ini tengah dibangun oleh SMCC-HK JO menunjukkan kompleksitas pekerjaan bawah tanah.
Stasiun Glodok mempunyai dimensi sepanjang 240 meter, lebar 23,1 meter, dua lantai, dan sedalam 19,7 meter dari permukaan, sementara Stasiun Kota lebih besar dengan panjang 411 meter, lebar 21,1 meter, tiga lantai, dan sedalam 23,45 meter.