Teori ini didukung oleh beberapa ahli dan penemuan arkeologi, seperti penemuan Kapak tua di Nusantara yang mirip dengan kapak di Asia Tenggara. Penemuan tersebut menunjukkan migrasi manusia sepanjang sejarah Nusantara.
Teori Nusantara menekankan bangsa Indonesia berasal dari wilayahnya sendiri tanpa perpindahan dari luar. Teori ini juga didukung oleh para ahli yang berpendapat Bangsa Melayu dengan peradaban tinggi telah berkembang di Nusantara.
Mereka juga berpendapat bahasa Melayu dan kesamaannya dengan bahasa Kamboja menandakan hubungan yang erat dengan wilayah ini. Penemuan fosil Homo Soloensis dan Homo Wajakensis di Pulau Jawa juga mendukung teori tersebut, sehingga menunjukkan nenek moyang orang Melayu mungkin berasal dari wilayah Nusantara.
Teori asal-usul nenek moyang bangsa Indonesia selanjutnya yakni Out of Africa. Penelitian genetika mendukung gagasan ini dengan mengungkap migrasi manusia dari Afrika ke kepulauan Indonesia.