KH Zainal Mustafa dibebaskan pada Maret 1942 setelah Perang Dunia II, Belanda kemudian menyerah daerah jajahannya kepada Jepang. Meski Jepang mengira KH Zainal Mustafa akan membantu mereka, justru menentang dengan Gerakan Anti Fasis (Geraf).
Terutama ketika kebijakan "tunduk pada matahari terbit" (Seikerei) Jepang diberlakukan, dia salah satu orang yang paling menentangnya. Perintah tersebut tidak diikuti oleh KH Zainal Mustafa dan murid-muridnya.
Pada 25 Februari 1944, tentara Jepang memanggil KH Zainal Mustafa. Hal ini menimbulkan kekacauan yang berujung pada pertempuran di Sukamanah. Jepang pada akhirnya memenangkan pertarungan ini dan banyak orang yang tewas.
Setelah kejadian itu, KH Zainal Mustafa dan 23 orang lainnya ditangkap dan diadili di Jakarta. Di Tasikmalaya sekitar 79 orang yang terlibat dalam peristiwa Singaparna divonis 5 hingga 7 tahun penjara.