Ide-ide reformis Islam inilah yang mempengaruhi Ahmad Dahlan untuk melakukan reformasi Islam di Indonesia. Ahmad Dahlan, selain berdakwah, merupakan pedagang batik dan anggota beberapa organisasi. Ia terkenal karena kepribadiannya yang suka berteman, toleran, dan berpikiran terbuka, serta berinteraksi dengan tokoh agama lain seperti Van Lith, seorang pendeta Katolik.
Pendekatan pendidikan menjadi fokus utama Ahmad Dahlan dalam berdakwah. Beliau menyadari bahwa persoalan pendidikan merupakan akar utama ketertinggalan umat Islam di Indonesia. Oleh karena itu, ia mendirikan organisasi Muhammadiyah pada tahun 1912.
Organisasi ini kemudian diresmikan oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1914. Muhammadiyah bergerak di bidang pendidikan dan keagamaan untuk memperbaiki kondisi umat Islam di Indonesia. Pada awal berdirinya Muhammadiyah hanya boleh beraktivitas di Yogayakarta saja.
Tujuan utama Ahmad Dahlan memastikan masyarakat memahami makna Alquran, tidak hanya membaca dan menghapalnya saja. Oleh karena itu, ia mengajarkan Alquran beserta terjemahan dan tafsirnya untuk memperdalam pemahaman agama.
Ahmad Dahlan merevisi sistem pendidikan pesantren. Ia mendirikan sekolah agama yang tidak hanya mengajarkan mata pelajaran agama tetapi juga pendidikan umum dan bahasa Belanda. Sekolah Muhammadiyah seperti H.I.S adalah salah satu contohnya.
Selain itu, Ahmad Dahlan memasukkan pelajaran agama di sekolah umum. Ia terus mendirikan dan membangun berbagai lembaga pendidikan, antara lain sekolah, masjid, langgar, rumah sakit, poliklinik, dan panti asuhan.
Ahmad Dahlan mendirikan Persatuan Aisyiyah khusus perempuan pada tahun 1918. Ahmad Dahlan mendirikan Padvinder atau Pandu untuk para pemuda yang saat ini dikenal dengan nama Pramuka dengan nama Hizbul Wathan. Organisasi ini mengajarkan kedisiplinan generasi muda, mengenakan pakaian mirip seragam pramuka, dan berbaris dengan gendang.
Ajaran Ahmad Dahlan seringkali berbenturan dengan tradisi pada masanya. Ia sering di teror dengan hal-hal seperti lemparan batu dan kotoran hewan. Ahmad Dahlan dituding sebagai kyai palsu dan diancam dibunuh saat berdakwah di Banyuwangi. Lambat laun masyarakat mulai menerima perubahan yang diajarkannya dengan penuh kesabaran.