Hingga saat ini komisi antirasuah sudah meriksa 117 saksi dari berbagai unsur, seperti sekretaris jenderal DPR RI, anggota DPR RI Komisi VI dan Komisi VII, kepala Bagian sekretariat Komisi VI DPR RI, sekretaris Jenderal Perimbangan Keuangan Daerah Kementerian Keuangan RI, dan saksi lainnya.
KPK menduga Bowo telah menerima fee (jatah suap) dari PT HTK (Humpuss Transportasi Kimia) sebanyak enam kali penerimaan sejumlah Rp221 juta dan 85.140 dolar Amerika. Uang itu lalu diubah menjadi pecahan Rp20.000 dan Rp50.000. Sebagian uang itu diterima Bowo melalui Indung.
Seluruh uang Rp8 miliar yang diamankan KPK itu diduga akan digunakan Bowo untuk "serangan fajar" di Dapil Jawa Tengah II, daerah pencalonannya sebagai caleg DPR di Pemilu 2019.
Diduga sumber duit gratifikasi Bowo didapat dari pengurusan DAK dan bersumber dari Menteri Perdagangan Enggartiasto Lukita untuk memuluskan Peraturan Menteri Perdagangan Nomor 16/M-DAG/PER/3/2017 tentang Perdagangan Gula Kristal Rafinasi Melalui Pasar Lelang Komoditas.
Atas perbuatannya, Bowo dikenakan Pasal 12 huruf a atau huruf b atau Pasal 11 dan/atau Pasal 12B Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (UU Tipikor) juncto Pasal 55 ayat 1 ke-1 KUHP juncto Pasal 64 ayat 1 KUHP.