DI Panjaitan menikah dengan Marike Anie Halomoan di Balige. pada 3 September 1946. Dari pernikahan itu, ia dikaruniai 3 orang anak, yakni Catherine Panjaitan, Masye Panjaitan dan Sopar Panjaitan.
Sayang, peristiwa G30S PKI harus memisahkan mereka. DI Panjaitan menjadi salah satu korban yang dibunuh oleh PKI dan dibuang ke Lubang Buaya bersama jenderal lainnya.
DI Panjaitan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta Selatan. Ia pun ditetapkan sebagai salah satu pahlawan revolusi berdasarkan Keppres Nomor 111/KOTI/1965.