Titik permulaan hubungan kerja sama antara RI dan Malaysia berawal pada 1966 di mana RI dan Malaysia menandatangani sebuah perjanjian perdamaian. Hal itu dilakukan oleh Menteri Luar Negeri RI Adam Malik dan Menlu Malaysia Tun Abdul Razak.
Hubungan tersebut meningkat dengan ditekennya Security Arrangement pada 1967 yang diikuti dengan pembaruan pada 1972 dan pembentukan GBC Malindo sebagai forum perbicangan operasi dan latihan di perbatasan. Sidang GBC Malindo pertama berlangsung pada 25 Juli 1972.
Tahun 2022 genap 50 tahun GBC Malindo yang sudah mencatatkan pencapaian, di antaranya 42 sidang. Lalu ada konsep “whole of government” yang diaplikasikan dalam memelihara keselamatan perbatasan darat, laut, dan udara Indonesia dan Malaysia yang melibatkan Kemhan RI, TNI, POLRI, Badan Keamanan Laut (Bakamla) RI, Ditjen Bea Cukai Indonesia, Kemhan Malaysia, Angkatan Tentera Malaysia, Polis Diraja Malaysia, Agensi Penguatkuasa Maritim Malaysia, dan Jabatan Kastam Diraja Malaysia.