Ba'asyir selaku pimpinan Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) pada 2004 divonis hukuman 2,5 tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Dia dinyatakan terbukti secara sah dan meyakinkan terlibat peristiwa bom Bali dan bom Hotel JW Marriott.
Pada 2011, Ba’asyir kembali menerima vonis 15 tahun penjara dari Pengadilan Negeri Jakarta Selatan karena terbukti menjadi perencana dan penyandang dana pelatihan kelompok bersenjata di pegunungan Jantho, Aceh, pada 2010.
Kamis, 1 Maret 2018 lalu, pria kelahiran Jombang ini untuk keempat kalinya menjalani perawatan di RSCM, Jakarta Pusat karena menderita penyakit kista ganglion yang berbentuk benjolan berisi cairan di kaki.