Namun, majelis hakim menilai jaksa tidak berhasil membuktikan adanya meeting of mind atau kesamaan kehendak Junaedi dengan pihak lain untuk melakukan penyuapan. Hakim juga tidak menemukan komunikasi maupun pembagian peran yang secara tegas menunjukkan keterlibatannya dalam pemberian suap.
Selain perkara suap, Junaedi divonis bebas dalam perkara dugaan perintangan penyidikan tiga kasus korupsi, yakni tata niaga timah, impor gula dan ekspor CPO. Dalam perkara tersebut, hakim menilai unsur kesengajaan untuk mencegah, merintangi, atau menggagalkan proses penegakan hukum tidak terbukti.
Atas kedua putusan bebas tersebut, majelis hakim memerintahkan pemulihan hak Junaedi dalam kemampuan, kedudukan, harkat serta martabatnya. Jaksa penuntut umum kemudian mengajukan kasasi. Namun, Mahkamah Agung menolak permohonan kasasi jaksa pada 11 September 2026 sehingga putusan bebas Junaedi tetap berlaku.