Dalam kasus dugaan suap DPID, Fahd menyuap mantan anggota DPR Wa Ode Nurhayati pada 2012. Dia dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman pidana 2 tahun 6 bulan penjara dan denda Rp50 juta, subsider 2 bulan kurungan.
Beberapa tahun berselang, Fahd kembali berhadapan dengan KPK. Kali ini Fahd tersangkut kasus pengadaan Al-Qur'an dan laboratorium komputer pada 2017.
Dalam perkara ini, Fahd divonis 4 tahun penjara dan denda Rp200 juta, subsider 3 bulan kurungan. Fahd terbukti menerima suap Rp3,411 miliar terkait pengadaan Al-Qur'an 2011-2012 dan laboratorium komputer MTs Kementerian Agama.
Dengan demikian, tiga perkara berbeda telah membawa Fahd A Rafiq berhadapan dengan KPK, mulai dari kasus DPID, pengadaan Al-Qur'an dan laboratorium komputer, hingga perkara terbaru terkait pengurusan HGB di Kabupaten Bogor.