BKNN dikepalai Kapolri secara ex-officio. Untuk menjalankan tugas operasional, ditunjuk kepala pelaksana harian (kalakhar).
Dalam perjalanannya, BKNN dianggap tak sesuai perkembangan zaman sehingga harus diperbarui. Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2002 tentang Badan Narkotika Nasional, BKNN berubah menjadi BNN.
BNN merupakan lembaga pemerintah non-kementerian (LPNK) yang bertugas melaksanakan tugas pemerintahan di bidang pencegahan, pemberantasan penyalahgunaan dan peredaran gelap psikotropika, prekursor, dan bahan adiktif lainnya kecuali bahan adiktif untuk tembakau dan alkohol.
Sejak diundangkannya UU 35/ 2009 tentang Narkotika sebagai perubahan atas UU 22/1997, BNN diberikan kewenangan penyelidikan dan penyidikan tindak pidana narkotika dan prekursor narkotika. BNN dipimpin oleh seorang kepala yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden melalui koordinasi Kapolri.
Sejak era BKNN hingga saat ini, perwira tinggi Polri yang pernah memimpin lembaga ini adalah sebagai berikut: