Lalu, tim mengusulkan rekomendasi langkah pemulihan bagi korban atau keluarganya. Tim mengusulkan rekomendasi untuk mencegah pelanggaran HAM berat tidak terulang lagi di masa yang akan datang dan menyusun laporan akhir.
Tim Pelaksana nantinya akan diberikan arahan dan kebijakan oleh Tim Pengarah. Tim pengarah akan diketuai Menteri Koordinator Politik, Hukum dan Keamanan.
Tim Pelaksana akan menyampaikan laporan akhir kepada Ketua Tim Pengarah. Nantinya Ketua Tim Pengarah menyampaikan laporan tersebut kepada Presiden Jokowi.
Masa kerja Tim PPHAM mulai berlaku sejak ditetapkannya Keputusan Presiden ini sampai dengan tanggal 31 Desember 2022. Masa kerja Tim PPHAM dapat diperpanjang dengan Keputusan Presiden.